A história acompanha a vida do agente federal Ethan Burke. Tentando localizar dois colegas, ele chega em Wayward Pines, uma pequena e bucólica comunidade de Idaho onde nem tudo é o que parece ser. Ethan se envolve em um acidente de carro e é levado ao hospital. Ao acordar, descobre ter perdido seus documentos, seu celular e a pasta que continha arquivos importantes. Embora bem tratado, Ethan desconfia que algo estranho está acontecendo ali. Suas tentativas de ligar para sua esposa e seu filho são frustradas e ninguém parece acreditar que ele seja quem diz ser. Para piorar, a cidade está protegida por cerca elétrica que impede qualquer pessoa de entrar ou sair.
