Kyle é um adolescente de 16 anos que acorda numa floresta à beira de Seattle totalmente nu e sem nenhuma lembrança de sua vida antes daquilo. Kyle é como um bebê recém-nascido em sua falta de conhecimento da vida social humana: ele não conhece nem mesmo as coisas mais simples, como a maneira de comer ou beber, e não consegue se comunicar com outras pessoas. Quando Kyle caminha nu pelas ruas de uma cidade próxima, é apanhado pela polícia. Como eles não conseguem encontrar seus registros, ele é levado para um lar infantil, onde se descobre que ele não possui o umbigo. Nicole Trager, uma terapeuta, se interessa por Kyle. Ela percebe que Kyle não pertence ao lar e leva-o para sua casa enquanto a polícia procura por sua família. A série acompanha Kyle e a família Trager à medida que Kyle se desenvolve socialmente em busca por respostas para o seu misterioso passado. Com o tempo, descobre sobre a Zzyzx (2ª temporada) e sobre a Jessi XX. A série acaba realmente sem ter um final adequado, o que levou muitos fãs da série a questionar a emissora pelo cancelamento. Mesmo depois de 7 anos do término da série, ainda há muitas pessoas que querem a volta de Kyle XY.
